1931年“九·一八事件”后,日本帝國主義占領(lǐng)我國東北,并進(jìn)逼華北。為謀文物安全,當(dāng)時(shí)遂有選擇精品遷址儲藏之籌備。文物運(yùn)輸前,院方向行政院和地方軍政長官發(fā)出密電,請沿途保護(hù)。路線避開天津,繞道南下,以免遭日軍襲擊。列車全部是鐵皮車,車頂四周均架起機(jī)槍,車兩旁逐段有馬隊(duì)隨車馳聚,每到一站,地方官派人上車交差。重要關(guān)口,車內(nèi)熄燈。 2月7日 第一批南遷文物起運(yùn)。古物館452箱,圖書館602箱,文獻(xiàn)館1,064箱,共2,118箱。吳瀛等監(jiān)運(yùn)。3月5日抵滬。 3月15日 第二批南遷文物起運(yùn)。秘書處426箱,古物館384箱,圖書館44箱、文獻(xiàn)館436箱,共1,290箱。俞同奎等監(jiān)運(yùn)。21日抵滬。 3月28日 第三批南遷文物起運(yùn)。秘書處1,013箱又62包,古物館242箱,圖書館477箱,文獻(xiàn)館1,240箱,共2,922箱又62包。程星齡等監(jiān)運(yùn)。4月5日抵滬。 4月19日 第四批南遷文物起運(yùn)。秘書處2,635箱又2包,古物館829箱,圖書館138箱,文獻(xiàn)館1,033箱,共4,635箱又2包。馬衡等監(jiān)運(yùn)。27日抵滬。 5月15日 第五批南遷文物起運(yùn)。秘書處1,534箱,古物館724箱,圖書館154箱,共2,412箱。俞同奎等監(jiān)運(yùn)。23日抵滬。 南遷文物總計(jì)13,427箱又64包。附我院一同運(yùn)滬者另有古物陳列所5,414箱,頤和園640箱又8包3件,國子監(jiān)11箱。 1936年,南京朝天宮文物庫房建成后,南遷文物遂分五批運(yùn)往南京。